O GNU/Debian Linux é na minha opinião uma das melhores distribuições Linux existentes, porém a distro visa a estabilidade devido a isso ela acaba sendo mais “ultrapassada” que as outras, por esse motivo as vezes é necessário compilar o kernel, talvez isso possa parecer difícil para uma grande parte dos usuários Linux, mas não é!
Essa dica servirá para distribuições baseadas em Debian. Então vamos la:
Primeiro vamos instalar as depedências que precisamos:
# apt-get install build-essential bin86 kernel-package libqt3-headers libqt3-mt-dev
Vamos entrar no diretório que vamos salvar os arquivos do kernel:
cd /usr/src
Vamos fazer o download do kernel, nesse caso estou usando o 2.6.29 o kernel atual estável:
wget -c http://www.kernel.org/pub/linux/kernel/v2.6/linux-2.6.29.tar.bz2
Agora temos que descompactar o arquivo do kernel que baixamos:
tar -xvjf linux-2.6.29.tar.bz2
Se o atalho linux ja existir, temos que deletar:
rm -rf linux
Então vamos criar o atalho linux novamente com o nosso novo kernel:
ln -s /usr/src/linux-2.6.29 linux
Entrando no diretório(atalho) que criamos:
cd /usr/src/linux
Limpando o sistema de outras construções de kernel que podemos ter feito:
make-kpkg clean
Vamos começar a compilar:
make-kpkg -initrd kernel_image kernel_headers modules_image
Terminada a compilação, alguns arquivos .deb foram criados, então vamos instalar todos:
dpkg -i *.deb
Pronto! O seu novo kernel esta compilado e instalado. Fácil né?! 
Abraços!
[Essa dica foi retirada do blog do Tvieira]